Mikotoksini so sekundarni metaboliti oziroma sekundarni presnovki plesni, ki vplivajo na človekovo zdravje in zdravje živali. Tri poglavitne skupine plesni, ki proizvajajo mikotoksine so Aspergillus, Fusarium in Penicillium. Mikotoksini so lahko rakotvorni (aflatoksin B1, ochratoksin A, fumonisin B1) imajo lahko estrogeno delovanje (zearalenone), so nevrotoksični (fumonisin B1), nefrotoksični (ochratoksini, citrinin, oosporeine), imajo dermonekrotične (trihoteceni) ali imunosupresivne (aflatoksin B1, ochratoksin A, T-2 toksin) lastnosti. Nekateri mikotoksini, kot so aflatoksini, toksin DON in fumonisini so povezani z t.i. akutno mikotoksikozo, ki se lahko pojavi tako pri človeku kot živalih in je posledica uživanja živil s previsokimi vsebnostmi mikotoksinov v krajšem obdobju. Izbruhe t.i. aflatoksičnega hepatitisa so npr. zabeležili v Indiji, Keniji in Maleziji.
Mikotoksini so torej nevarni za ljudi, vendar tudi gospodarstvo ni popolnoma varno pred njimi. Mikotoksini so lahko poglavitni krivec za velike gospodarske izgube v živilsko-predelovalni industriji, ki so posledica zavrnitve pošiljk krme, nezadostna kvaliteta krme pa pomeni nižjo tržno vrednost.